Theo Cục An toàn thực phẩm (Bộ Y tế), đối với bánh mua sẵn, nhờ vào một lượng nhỏ chất bảo quản (các chất này phải trong danh mục cho phép sử dụng của Bộ Y tế), các loại bánh trung thu thường có thời hạn sử dụng trung bình khoảng 3 tháng. Thông tin này cũng được in trên bao bì sản phẩm.
Đối với bánh trung thu tự làm (handmade), vì không sử dụng chất bảo quản, loại bánh này thường chỉ có thời hạn sử dụng trung bình tối đa 7 ngày. Thông thường, bánh nướng có hạn 7 ngày, còn bánh dẻo chỉ là 4 ngày.
Bánh trung thu bị hư hoặc mốc có thể là kết quả của sự thâm nhập từ độ ẩm không khí đến bánh. Độ ẩm cao sẽ sinh sôi vi khuẩn, từ đó khiến bánh bị hỏng, mốc.
Ngoài ra, việc bảo quản bánh sai cách hoặc thời gian bảo quản bánh quá lâu là một trong những nguyên nhân gây mốc bánh trung thu.
Bánh cần được bọc kín trong hộp, để ở nơi khô ráo thoáng mát và tránh tiếp xúc với không khí để có thể giữ nguyên hương vị lâu nhất có thể.
Về dấu hiệu nhận biết bánh trung thu bị hỏng, mốc như màu sắc vỏ bánh, nhân bánh bị thay đổi, xuất hiện vệt nấm mốc. Bên cạnh đó, bánh có mùi khó chịu như hôi, chua…
Bề mặt bánh nhờn, vỏ bánh bị biến chất thành mềm nhũn bất thường. Nếu cảm nhận có vị lạ khi ăn bánh trung thu, phải kiểm tra lại vì rất có thể bánh đã bị hỏng, mốc.